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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已提示出常见的生物技术吸附性，分为抗恶性肿瘤和抗病性毒效果。常常，三萜是完成甲羟戊酸经由合出的，并从纯天然苔藓植物和真菌感染中转化成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊出了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探析文。该探析发现了三萜类氧化物野生野生灵芝酸（GA）是使用液态物质培植的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学转为发生的。使用转录组和淀粉酶酶质组学科技性进一部挑战无柄野生虫草菌丝体中DHT发生多种野生虫草酸（GA）的系统，并按照其几组学科技性检查测量到的的对比分析染色体和的对比分析淀粉酶酶，估测DHT 生态学生成 GA 的手段。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和的功能分类管理

在对无柄虫草白色念珠菌菌丝体做好转录组测序共收获67230个转录本和14299个单染色体。在一些单染色体中，494个被认定为差别体现染色体（DEGs），之中213个体现调涨，279个体现调整（图1A）。GO聚集定性数据分析后，DEGs分为生物学操作的时候（BP）、血内部含量（CC）和氧分子功能键（MF）3类。在BP类目中，导致了前这几个子类目：抗菌素数据分析消化吸收操作的时候，冰醋酸盐消化吸收操作的时候和甲酸盐消化吸收操作的时候;而在CC类目中，血内部外区、突触复合型体、突触格局是前这几个亚类。就MF类目，甲酸脱氢酶（NAD）化学活化酶类、氧化反应替换酶化学活化酶类和酸氨（或酰胺）无线连接酶化学活化酶类是前这几个亚类目（图1B）。在DEGs的KEGG通道定性数据分析中，前30条聚集度极高的通道含有27条都是消化吸收，之中甲烷气体消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收警报通道有明显聚集（图1D）。

图1|转录多组分析和用途进行分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

在对无柄虫草真菌感染菌丝体实行血清质组学深入讲解，加起来决定了16,457种独特性肽、2606种血清质和2588种化学发光法血清质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的淘汰具体条件下，在这一2606种血清质中，94种被判定为地域区别表达方法爱血清（DEPs），中仅52种上涨，42种下降（图2A），图2C体现了地域区别表达方法爱血清的聚类讲解深入讲解热图。从GO深入讲解看你，BP专业类别体现，很绝对多数DEPs参与性醋酸钠盐内部分解分解代谢率转化时、四环素转化内部分解分解代谢率转化时和治疗药物转化内部分解分解代谢率转化时。CC类DEPs在内部外区、过空气金属腐蚀物酶体和微体中比率更高，空气腐蚀完美重现酶活力和甲酸脱氢酶（NAD）活力在MF类中DEPs的的比例更高（图2B）。与转录组数据表格一样，KEGG表现通道深入讲解体现，多个DEPs在内部分解分解代谢率转化中聚集，中仅3条最聚集的路经是光合动物中的碳固定不动、碳内部分解分解代谢率转化和MAPK表现表现通道（图2D）。不仅，在深入讲解GO数据表格库的CC对DEPs实行亚内部精确定位深入讲解和批注（图2E），DEPs具体数据分布在内部质（40.66%）、内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论上上是GAs动物结合的具体地理位置。

图2|球高蛋白组的一定量概述和功能性查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物图片转换和相较比较组待选DEGs和DEPs制作方法了维恩图，有20个对比表明染色体组（图3A）。对转录组和核蛋白酶酶质组中E组和C组总共有的DEGs/DEPs做聚类算法研究，发现了mRNA和核蛋白酶酶质两者之間有16个上浮染色体组和6个再降染色体组，DEGs和它翻譯的DEPs表明质量呈正关于，因为Pearson的关于标准值研究，在转录组和核蛋白酶酶质组两者之間探测到相较较高的关于性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检查最后界面显示，E组和C组115个DEGs的抒发总体水平对比显著性，至少9个为上涨DEGs，2为调低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的抒发大趋势与转录多组分析最后不对。

图3|核营养物质组的定量概述概述和功能性证实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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